Le bonus-malus écologique est source de tension entre le Ministère de l'Ecologie et  le Ministère des Finances. Le système, qui devait rester neutre pour les finances de l'Etat, s'avère plus coûteux que prévu. Le Ministère des Finances estime que le montant s'élève à 200 millions d'euros, le Ministère de l'Ecologie, lui, parle d'un coût de 140 millions d'euros. Dans les deux hypothèses, la facture reste trop élevée. L'annualisation du bonus-malus pour 2009 devrait permettre, selon le Ministère de l'Ecologie, un rééquilibrage. Mais Bercy préfèrerait la mise en place d'un système de « malus-malus » qui se contenterait de taxer les véhicules polluants, sans récompenser les véhicules verts.

Impensable pour Jean-Louis Borloo. Le ministre  estime en effet qu'un malus-malus serait « une taxe de plus », « alors qu'un bonus-malus c'est une incitation à aller vers un comportement vertueux ».
 

Rappelons que c'est dans ce contexte que le Ministère de l'Ecologie a annoncé une possible extension du bonus-malus (aux appareils électroménagers, aux ampoules ou encore aux pneus) et que le projet de loi d'orientation du Grenelle de l'environnement sera présenté aux parlementaires.