Selon une étude publiée par l'Office national interprofessionnel des grandes cultures, les biocarburants dits de deuxième génération n'arriveront à "maturité industrielle" qu'à l'horizon 2020. Les biocarburants de deuxième génération seront fabriqués à partir de plantes ligneuses (essentiellement les arbres) ou de résidus agricoles, qui ne nuisent pas à l'environnement et à la production alimentaire.

En attendant, cet organisme prône une utilisation des biocarburants première génération, aujourd'hui sur la sellette. Considérés il y a peu comme la solution miracle pour lutter contre le réchauffement climatique, l'augmentation des prix du pétrole et la diminution des réserves pétrolières, ils sont aujourd'hui montrés du doigt. Ils sont accusés de contribuer à la déforestation et au déplacement de populations dans les pays pauvres, d'empiéter sur les terres réservées à l'alimentation humaine et d'accroître le prix des denrées alimentaires.

Dans le monde entier, des milliers d'hectares de forêt sont coupés pour faire place à la culture de céréales (blé, maïs) pour le bioéthanol, et des huiles végétales (colza, tournesol) ou animales pour le biodiesel.