Selon le Bureau national de gestion des risques et des catastrophes, le district d'Ikongo, à environ 300 kilomètres au sud-est d'Antananarivo, est le plus touché avec 15 morts recensés. Neuf autres personnes ont péri dans le district de Mananjary, au nord-est.

Cette tempête accompagnée de fortes pluies a entraîné des dégâts matériels et ravagé des cultures sur la façade sud-est de la Grande Ile : 27.600 personnes sont sinistrées à Manakara, 22.000 à Mananjary et 19.530 hectares de rizières ont été inondés à Midongo.
"Notre grand problème est actuellement l'évacuation des victimes, a indiqué le Bureau national de gestion des risques et des catastrophes, qui a ajouté que 50 tonnes de riz ont été mobilisées en faveur des districts les plus touchés.

Hubert est le premier cyclone à provoquer de graves dégâts à Madagascar depuis le début de la saison cyclonique, qui s'étend de novembre à avril. L'an passé, au moins 24 personnes avaient été tuées lors du passage de deux cyclones.

En janvier et février 2008, les passages des cyclones Fame puis Ivan avait tué au moins 97 personnes à Madagascar.
En mars 2007, le cyclone Indlala avait fait 150 morts et 30 disparus dans la Grande-Ile.