Selon une étude de l'Afssa (Agence française de sécurité sanitaire des aliments), la surmortalité des abeilles, observée dans de  nombreux pays depuis le milieu des années 80, est due à une quarantaine de facteurs biologiques et chimiques notamment.
 

L'Afssa classe, en gros, les causes de mortalité en cinq catégories :
 
- Les agents biologiques : prédateurs, parasites, champignons, bactéries, virus - dont certains interagissent. Le Varroa destructor est l'un d'eux: déjà qualifié "d'ennemi numéro un" dans le rapport du député de Haute-Savoie Martial Saddier, ce parasite peut dépeupler une ruche en quelques années.
  
- Les agents chimiques : « le catalogue des produits phytopharmaceutiques dénombre aujourd'hui 5.000 produits commerciaux » dont l'utilisation est susceptible de causer des dommages irréversibles aux colonies d'abeilles.
  
- L'environnement : en particulier la perte de biodiversité due à l'agriculture intensive qui prive les abeilles de plantes à pollen.
  
- Les pratiques apicoles et la mauvaise tenue de ruches 
 
- D'autres causes, mais encore difficiles à cerner à ce stade, ajoute l'Afssa.