L'émergence de maladies infectieuses, probablement liée au changement climatique, est une menace pour les espèces animales, dont certaines sont déjà en voie d'extinction à la suite de la perte de leurs habitats naturels, et pour les hommes :
"La plus grande menace du changement climatique est peut-être la propagation  de maladies émergentes" estime Steven Sanderson, président de la Société pour la conservation de la faune sauvage.  
Un environnement perturbé peut avoir des effets immédiats et néfastes sur les animaux sauvages qui ont des difficultés à s'adapter rapidement. 

• la peste
• le choléra
• la tuberculose 
• la fièvre jaune
• le virus Ebola à l'origine d'épidémies meurtrières chez l'homme et les primates en Afrique équatoriale
• les parasites externes et intestinaux
• la maladie de Lyme transmise par un tique parasite qui suce le sang des mammifères
• la maladie du sommeil transmise par la piqûre de la mouche tsé-tsé ou glossine. Elle peut affecter les hommes et les animaux.
• la maladie de la vallée du Rift 
• les "marées rouges" fatales à la vie marine, dues à la prolifération d'une microalgue (Karenia brevis) produisant une neurotoxine.

Le dérèglement du climat inciterait les oiseaux migrateurs à modifier leurs routes et à se retrouver ainsi en contact avec des élevages de volailles domestiques. Ces modifications trop rapides pourraient contribuer à la propagation du virus H5N1 de la grippe aviaire.

Les amphibiens menacés par un champignon

Certaines espèces, comme les amphibiens, sont déjà victimes du changement climatique mais l'impact sur l'homme est encore méconnu.
Les amphibiens disparaissent aussi en raison de l'asséchement des zones humides. 
Outre le changement climatique et la perte de leur habitat, les amphibiens sont victimes d'une redoutable mycose, la chytridiomycosis, provoquée par un champignon. "On ne comprend rien à ce champignon pathogène, comment il se répand, comment lutter contre. On voit apparaitre de nouvelles menaces avec des maladies qui sortent de nulle part et qui ont des effets dévastateurs sur la faune sauvage" indique Michael Hoffman, un spécialiste de l'Union Internationale pour la conservation de la Nature. 

Le diable victime d'une mystérieuse tumeur

Le diable de Tasmanie (Sarcophilus harrisii), victime d'une mystérieuse tumeur cancéreuse faciale, a vu sa population s'effondrer de 60% depuis dix ans :
"Personne ne sait d'où elle vient. Cette maladie continue de faire des ravages parmi les diables, un animal autrefois très répandu en Tasmanie" rappelle Michael Hoffman.